1998 के मध्य में प्रकाश सिंह बादल ने टोहरा के साथ झगड़ा किया था, जिसमें एसजीपीसी में बादल के वफादार कार्यकारी सदस्यों ने अकाल तख्त के जत्थेदार भाई रणजीत सिंह को बर्खास्त कर दिया था। फिर, टोहरा को बाहर किए जाने के बाद, उनके वफादार मंत्रियों ने बादल मंत्रिमंडल छोड़ दिया।
टोहरा ने तब सर्ब हिंद शिरोमणि अकाली दल का गठन किया था और 2002 के विधानसभा चुनाव लड़े थे, जिसमें बादल की अकाली दल हार गई थी। विवाद की शुरुआत तब हुई जब टोहरा ने महत्वपूर्ण मुद्दों पर पंजाब के प्रति भाजपा के “कांग्रेसी” रवैये पर सवाल उठाया और कहा कि भाजपा के नेतृत्व वाली एनडीए की केंद्र सरकार को बिना शर्त समर्थन देने के दिन खत्म हो गए हैं।
दिसंबर 1998 में पार्टी का कार्यकारी अध्यक्ष नियुक्त करने के तोहरा के सुझाव ने एक व्यापक युद्ध को जन्म दे दिया।
टोहरा की आलोचना के बाद तत्कालीन प्रधानमंत्री अटल बिहारी वाजपेयी ने उनसे और बादल से एक साथ मुलाकात की। इस बैठक और पंजाबी भावनाओं को ठेस पहुंचाने वाले मुद्दों को उठाने के लिए टोहरा की वाजपेयी से आमने-सामने की मुलाकात का जिक्र करते हुए राजनीतिक टिप्पणीकार जगतार सिंह ने अपनी किताब ‘खालिस्तान स्ट्रगल ए नॉन मूवमेंट’ में लिखा है कि: “उनके (टोहरा के) अनुसार, जहां तक अकाली दल का सवाल है, दिल्ली में कांग्रेस और भाजपा सरकार के बीच बहुत कम अंतर है।”
भाजपा ने तब दावा किया था कि बादल ने वाजपेयी और तत्कालीन केंद्रीय मंत्री लालकृष्ण आडवाणी को इस बारे में जानकारी दी थी और उनसे आश्वासन प्राप्त किया था कि यदि तोहरा गुट अपना समर्थन वापस ले लेता है तो भाजपा विधायक उनके बचाव में आगे आएंगे।